Кафедра была создана в 1929 году под названием «Кафедра эпизоотологии, микробиологии, вирусологии и ветеринарно-санитарной экспертизы». После основания Самаркандского института ветеринарной медицины в 2018 году она функционировала как «Кафедра эпизоотологии, микробиологии и вирусологии», а с 2022 года действует как «Кафедра микробиологии, вирусологии и иммунологии» в составе Самаркандского государственного университета ветеринарной медицины, животноводства и биотехнологий.
На данной кафедре в должности заведующих кафедрой работали В. С. Зарубкинский, К. П. Чепуров, И. И. Архангельский, Ш. Т. Расулов, А. М. Ахмедов, Н. Г. Шатохин, Х. К. Бурхонова, М. П. Парманов, Х. К. Бозоров, З. Ж. Шапулатова и З. Э. Рузиев.
В настоящее время в коллективе кафедры работают 17 преподавателей, среди них 2 профессора, 1 доктор наук, 2 доцента, 3 кандидата наук и 10 ассистентов. На кафедре имеется 1 компьютерный класс, оснащенный современными компьютерами, а также современная лаборатория «Ветеринарная микробиология, вирусология и иммунология». Кроме того, на кафедре действует научный кружок «Молодой инфекционист».
