Кафедра была создана в 1929 году под названием «Кафедра эпизоотологии, микробиологии, вирусологии и ветеринарно-санитарной экспертизы». После основания Самаркандского института ветеринарной медицины в 2018 году она функционировала как «Кафедра эпизоотологии, микробиологии и вирусологии», а с 2022 года действует как «Кафедра эпизоотологии и инфекционных болезней» в составе Самаркандского государственного университета ветеринарной медицины, животноводства и биотехнологий.

    На данной кафедре в должности заведующих кафедрой работали В.С. Зарубкинский, К.П. Чепуров, И.И. Архангельский, Ш.Т. Расулов, А.М. Ахмедов, Н.Г. Шатохин, Х.К. Бурхонова, М.П. Парманов, Х.К. Бозоров, З.Ж. Шапулатова и З.Э. Рузиев.

    В настоящее время в коллективе кафедры работают 11 преподавателей, среди них 2 профессора, 1 доцент, 3 доктор наук, 3 старших преподавателя – кандидата наук и 2 ассистента. На кафедре имеется 1 компьютерный класс, оснащенный современными компьютерами, а также современная лаборатория «Ветеринарная микробиология, вирусология и иммунология». Кроме того, на кафедре действует научный кружок «Молодой эпидемиолог».